Если Вы владеете полностью квартирой, то риэлтор прав и в Москомрегистрации действительно откажутся регистрировать эту сделку. Законных оснований для этого не существует, и отказ в регистрации Вы сможете обжаловать в судебном порядке, просто это достаточно длительная и сложная процедура, и она совсем не входит в полномочия риэлторов. Поэтому риэлтор и отказывается от оформления такой сделки, т.к. довести ее до конца он не сможет.

С уважением,           
Адвокат Эдуард Панков