Допустимо и то, и другое. На практике лучше сделать это в возражении на иск, представив данное возражение в установленный судом срок, до предварительного судебного заседания. Тогда велика вероятность, что еще на предварительном заседании, проводимом в порядке ст. 152 ГПК РФ, суд признает причины пропуска истцом срока исковой давности неуважительными, что повлечет отказ в иске по формальным основаниям (ввиду пропуска срока на обращение в суд). В возражениях в части пропуска исковой давности ссылайтесь на ч. 2 ст. 199 ГК РФ ("Истечение срока исковой давности, о применении которой заявлено стороной в споре, является основанием к вынесению судом решения об отказе в иске").

С уважением,           
Адвокат Эдуард Панков