Согласно действующему ГПК РФ - дела организаций ведут в суде их органы, действующие в пределах полномочий, предоставленных им федеральным законом, иными правовыми актами или учредительными документами, либо представители. Доверенность представителю от имени организации выдается за подписью ее руководителя или иного уполномоченного на это ее учредительными документами лица, скрепленной печатью этой организации. Если бухгалтер вашего АО имеет право ставить подпись за руководителя (в его отсутствие), что должно быть указано в учредительных документах, то Вы должны были указать на это суду, и суд не вправе тогда отстранять Вас от ведения дела в качестве представителя.

С уважением,           
Адвокат Эдуард Панков